VšĮ Molėtų ligoninėje yra Priėmimo – skubios pagalbos, geriatrijos ir vidaus ligų, Ambulatorinės ir Dienos chirurgijos poskyris, Slaugos ir palaikomojo gydymo skyriai, Fizinės medicinos ir reabilitacijos skyrius, Dantų protezavimo kabinetas, Konsultacijų poliklinika.